天然黄鳝具有特殊的繁殖特性即性转化特性。黄鳝不像大多数脊椎动物那样终生为一个性别，而是早期为雌性，后期为雄性，期间还有一段雌向雄转化的间性阶段。黄鳝性成熟年龄为1冬龄，1冬龄和2冬龄黄鳝基本为雌性；3冬龄的黄鳝，雌性约占60%，其余已转为雄性讨；4冬龄，雌鳝降至30%左右酒；5冬龄，雌鳝约12%；6冬龄时基本上是雄性。但黄鳝的性比和性转化可能与其群体年龄组成有关。黄鳝生殖群体在整个生殖期基本上是雌多于雄。

黄鳝一般1龄性成熟，繁殖季节为5一8月份，繁殖盛期是6一7月份。黄鳝的繁殖期也因地区不同而不同，随温度、环境食物丰歉而定。南方温度较北方高，通常南方黄鳝繁殖季节较北方早。南方自5月中旬开始至9月底结束，北方自6月初开始，至9月底结束。同一地区环境不同也有差异，如黄鳝的产卵期在不同田块中是不相同的:藕田、蔗草田、茭白田，于2一3月蓄水，产卵期在5月中旬，6月上旬为盛期；稻麦轮作田一般在6月上旬开始蓄水，6月下旬开始见产卵，产卵高峰期在7月上旬。同一地区不同规格个体产卵时间也有所不同，一般个体较大的繁殖较早，个体在200克以上雌性黄鳝5月中旬至7月产卵，而个体在100克左右的则主要在8月产卵。个体成熟差的黄鳝也可能分几次产卵繁殖。

黄鳝的产卵几乎都在洞中进行。如在稻用的洞穴通常开口于田埂的隐蔽处，洞口下缘2/3没于水中；在水田中央的洞，离地面深约10一40厘米，并横向发展，有时弯曲分叉。每个洞穴至少有两个出口，其中一个洞口在近水面处。前洞产卵处比较宽广，洞的上下距离约4一5厘米，横向距离可达10厘米，前洞的长度约为亲鳝的体长1.5倍以上，后洞细，较长。

产卵黄鳝有吐泡沫筑巢的习性。在洞口附近堆成浮巢，然后将卵产在泡沫中，也有将卵产在浮游植物的根上或乱石间的。泡沫中的卵受精率可高达95一100%。受精卵借助泡沫的浮力浮于水面孵化。黄鳝卵具沉性，若泡沫被冲散，卵即下沉。

亲鳝有护卵的习性，产卵后雌鳝离开，雄鳝护卵。经10天左右，受精卵孵化，仔鳝卵黄囊消失，鳝苗能自由摄食后，雄鳝才离开。